A especialidade de maratone engloab a disciplinas de Maratona, Longa distância, descidas e Esperanças.
A Maratona é uma das disciplinas que compõe a longa distância e dependendo do escalão poderá ter provas com uma extensão de 36km. Nesta especialidade o canoísta poderá ter que ultrapassar troços em terra ou outros obstáculos, conhecidos como portagens, onde o atleta após sair da embarcação terá de a transportar até entrar na água novamente. Nas maratonas as embarcações utilizadas são as mesmas que nas provas de regatas em linha e de fundo, podendo apenas ser mais leves. Estas são disputadas em águas calmas de rios ou lagos, embora os regulamentos admitam que possam ter alguma corrente ou ondas.
É comum os atletas recorrerem a meios que lhes permitam reidratar durante a competição, e a bombas de água que lhes permitem retirar a água que se acumula dentro da embarcação.
Foi nesta disciplina que Portugal promoveu os primeiros eventos Internacionais, começando em 1989 com a Crestuma World Cup, que tomou um lugar de grande destaque a nível internacional, indo hoje já na sua 34º edição e que em 2009 foi Campeonato do Mundo. Depois disso e já em Prado Vila Verde, a FPC promoveu em parceira com as entidades locais, o Campeonato da Europa no ano de 2013.
É também nesta disciplina que Portugal atingiu os melhores resultados a nível Internacional, com atletas campeões do Mundo e da Europa, com destaque para José Carlos Sousa e mais recentemente para José Ramalho em k1 e Nuno barros em C1.
São já 30 as medalhas conquistadas em europeus e Mundiais em escalão absoluto.
As provas de Esperanças, são promovidas para os escalões de Menores, Iniciados Infantis e Cadetes, com provas dos 2 aos 6 quilómetros em circuito.
Em Portugal promove-se um Campeonato Nacional com três etapas ao longo da época desportiva.